หน่วยตรวจสอบภายในได้ทำการตรวจสอบด้านการเงิน การบัญชี และการพัสดุของหน่วยงานในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการเป็นประจำทุกปีโดยตรวจสอบหน่วยงานส่วนกลาง และหน่วยงานส่วนภูมิภาค ได้แก่ สำนักศึกษาธิการภาค 1 - 12 สถาบันพัฒนาครู คณาจารย์และบุคลากรทางการศึกษา สำนักอำนวยการ สป.